恒河猴的寄生蟲種類較多，比較常見的有阿米巴原蟲、結(jié)節(jié)線蟲、類圓線蟲、瘧疾和腸道滴蟲等。
阿米巴原蟲是導致恒河猴患阿米巴痢疾病的病因。猴感染了痢疾阿米巴原蟲以后，蟲體主要依附于宿主腸黏膜上，并不進入組織。因此，臨床癥狀主要表現(xiàn)為水性腹瀉，雖不經(jīng)治療也可以自愈，但是不久又會復發(fā)，也有的猴無明顯癥狀。一般治療可采用鹽酸依米丁給患猴作皮下注射，劑量為每千克體重1-2毫克?；蛘呷辗ò碗?，每日250毫克．1日2次，連續(xù)服用10天。
恒河猴的結(jié)節(jié)線蟲有兩種：長刺結(jié)節(jié)線蟲和短刺結(jié)節(jié)線蟲。結(jié)節(jié)線蟲在發(fā)育過程中沒有中間宿主參加，蟲卵隨糞便排出體外后，在適當?shù)臏囟取穸认路趸鲇紫x，再經(jīng)二次蛻化后形成有侵襲性的幼蟲，幼蟲被宿主吞食后進入胃腸道。在宿主的盲腸和升結(jié)腸內(nèi)，幼蟲脫去鞘膜，鉆人腸黏膜內(nèi)，形成瘸樣小結(jié)節(jié)，因而得名結(jié)節(jié)線蟲。結(jié)節(jié)線蟲還可以經(jīng)皮膚感染，隨血液進入腸壁和其他組織器官。猴感染結(jié)節(jié)線蟲后，體質(zhì)健壯者一般不顯示癥狀，嚴重時則會出現(xiàn)腹瀉、消瘦，有時在糞便中還可見到帶血絲的黏液。冶療上，一般使用硫化二苯胺放在飼料內(nèi)讓猴自動采食，可按每千克體重140毫克劑量給藥，持續(xù)10 - 21天。此外，也可采用四咪唑或左旋咪唑，按每千克體重10毫克劑量，一次性投服、，
其他寄生蟲病如蛔蟲病、鞭蟲病、瘧疾、腸滴蟲病和絲狀棘蟲病等，在臨床上較為少見，或后果不太嚴重=其治療可以參考其他動物的防治方法。
