許多農(nóng)作物不適當(dāng)連作，其原因可以概括為化學(xué)、物理和生物學(xué)三個方面，其中有的原因比較清楚，有的還有待于探索和進(jìn)一步研究。
一、化學(xué)因素
1、營養(yǎng)物質(zhì)的片面消耗。在同一塊土地上連年種植同一作物，每年都將吸收相同種類的養(yǎng)分，從而引起營養(yǎng)元素的片面消耗，造成土壤中養(yǎng)分狀況的不平衡。
長期連作，土壤中營養(yǎng)元素的片面消耗，還易引起其他問題的產(chǎn)生。某些作物的連作大量吸收了土壤中的鹽基性營養(yǎng)元素，會造成土壤酸度提高，鹽基代換量小，有效磷的固定增大，減弱土壤中有效養(yǎng)分的保蓄能力。
有機質(zhì)的消耗，又會影響土壤有益微生物的活動與可給態(tài)養(yǎng)分的補給，還會造成土壤物理性狀的惡化。
2、根系分泌對本身有害的物質(zhì)。植物在其生命活動過程中常在根系和地上部分泌出化學(xué)成分不同的有機物質(zhì)。某些作物的分泌物對本身是有害的，如用豌豆培養(yǎng)液的殘液來培養(yǎng)豌豆時，則發(fā)現(xiàn)有明顯的阻礙豌豆根系生長發(fā)育的現(xiàn)象。
二、物理因素
某些作物長期連作，會使土壤物理性狀顯著惡化而不利于作物的生長。如水稻長期連作，造成土壤緊實，容重加大，通透性變差；玉米、棉花等中耕次數(shù)較多的作物長期連作，對土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)有明顯的破壞作用，也容易造成水蝕；花生等作物收獲后土壤疏松，長期連作，容易造成風(fēng)蝕，不但損失養(yǎng)分，土壤結(jié)構(gòu)也受到破壞。
三、生物學(xué)因素
1、雜草嚴(yán)重
各種作物有其伴生雜草，如狗尾草與粟、燕麥草與麥類、亞麻薺與亞麻伴生等。這些雜草的生理生態(tài)特性與作物相近，不易消滅，逐年連作，則混雜嚴(yán)重，導(dǎo)致產(chǎn)量下降、品質(zhì)降低。另外寄生性雜草（如大豆菟絲子、向日葵列當(dāng)、瓜列當(dāng)?shù)龋┻B作后不易防除。
